深圳新哲書院高中部課程設置的優勢在于使學生既能達到國外中學課程的英語能力要求,又使學生的數理化學術能力強于其他國際學校的學生,同時,書院還開設了豐富的人文、藝術、體育以及課外社團課程，持續激發學生的學習興趣。而高中課程在英語能力培養課程、批判性思維課程以及博雅(通識)課程的基礎上,開設多達25門的AP (美國大學先修)課程,數量豐富，即使在美國的優質私立高中也并不多見。

主要開設科目有：

1、數學Math

AP計算機科學、AP微積分AB

AP微積分BC、多元微積分

AP統計學、AP計算機概論

2、科學Science

AP物理&2、AP化學

AP物理C-力學

AP物理C-電磁學

AP生物、科學實驗

有機化學、AP環境科學

AP心理學

3、人文Humanities

AP微觀經濟學

AP宏觀經濟學

AP世界史、AP美國歷史

AP歐洲史、AP文學

AP英語語言與寫作

4、藝術與音樂Art&Music

AP平面設計

AP音樂理論

AP藝術史

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